WordPressでオリジナルの機能を備えたテーマを作成するには、テーマに実装したい機能を「サイト全体の設定」と「ページごとの設定」の2つに分類します。
たとえば、サイトのアイコン（ファビコン）や、Googleアナリティクス（アクセス解析）、SNSのリンク先などは、サイト全体で共通の設定項目になります。
一方、ページの幅やサイドバーの有無、SEOのための各種メタタグの設定などはページごとの設定項目としたほうが便利でしょう。
設定項目が分類できたら、次は実装方法を決めます。
サイト全体の設定は、テーマ専用の設定ページを追加して、そこで設定できるようにします。市販のテーマで「テーマオプション」とか「テーマの設定」などの設定ページが用意されているのを見かけたことがあるかと思います。そのような設定ページを自作するのです。
ページごとの設定は、カスタムフィールドを使って設定内容の保存や変更ができるようにします。カスタムフィールドを実装するためのプラグインはいろいろありますが、Advanced Custom Fieldsや、Custom Field Template、Custom Field Suiteなどがあります。
テーマの設定ページとカスタムフィールドは、それぞれ実装方法が異なるので、一度に両方に取り組むよりも、片方ずつ勉強したほうがよいでしょう。